序列组装（Sequence assembly）是生物资讯学中的一种分析方法。此方法通过序列比对和序列合并等演算，将短片段的DNA建构成为较长的连续序列。此技术的创立，是因为被测序的核酸分子通常长度都远大于目前存在的DNA测序技术。而此分析能试图从有限长度的DNA测序结果，重建出原本被测序分子的样貌。

序列组装最常被使用在高通量测序资料的分析上（例如基因组霰弹枪定序，或者RNA转录体测序）。这一类的测序技术会产生大量的测序片段（read，复数reads），而这些片段的长度依照不同的技术，短为数十，长可至上万个碱基对（前者如Illumina的定序平台，后者如太平洋生物科学公司的SMRT-测序或奈米孔洞测序）^[1]。而序列组装旨在合并这些短片段来重建原本的分子序列。