成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指数增长，在2013年2月的版本194中，数据库包含有1.62亿个序列，含有1500亿个核苷酸堿基。

1979年，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LANL）理论生物学和生物物理学小组的Walter Goad（英语：Walter Goad）等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库，最终成为了公共的 GenBank数据库的前身。1982年，由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资，LANL与BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超过2000个序列被存储在GenBank。

在20世纪80年代中期，斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目。作为最早的互联网生物信息学社区项目，GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的BIOSCI（英语：BIOSCI）/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心。在GenBank的版本162.0（2007年8月）的发行说明中道出：“从1982年到现在，GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”