病原体 

病原体，泛指对可以引致疾病的生物及非生物的一个总称。病原体包括了：细菌（病原菌）、真菌、朊病毒、线虫、寄生虫、其他的生物，以及非生物，例如：病毒、 重金属、各种化学毒素、霾害、污染等等。

历史上首位确定病原体存在的，是1840年代的匈牙利的产科医生塞麦尔维斯。[来源请求]他发现医院内由产科负责接生的贫穷产妇，她们的死亡率比由医生负责接生的产妇高上几倍。他从他的观察中认定两者死亡率的差别，与环境的清洁有关连。

流行病学定义下的病原体
生物病原体

例如，细菌或昆虫。

营养病原体

例如，脂肪、蛋白质和碳水化合物－胆固醇的制造者。

化学病原体

例如，气体和有毒化学物质造成空气，水与土地的污染物。

物理因素

例如，气候或植被。

社会因素

例如，职业、社会阶级、居住地点或生活形态。

植物中病害发展的阶段
接种

接种（inoculation），指接种源传送到达寄主部位，其包括接种源的降落及到达，真菌孢子或寄生性植物种子的发芽，线虫卵的孵化等步骤。

侵入

入侵方式

直接侵入（direct penetration），机械压力穿透角质层和表皮细胞的物理方式。也有分泌酵素溶解或软化角质层的化学方法，通常物理和化学破坏方式并存进行。 特定部位：真菌会经由柱头、幼苗、幼芽、根毛。 自然开孔（natural opening），气孔、皮目、伤口、水孔、蜜管孔和叶柄痕等侵入。细菌X害只能经由自然开口侵入。 经媒介者，拟菌质、类立克次体、病毒及拟病毒透过昆虫、线虫、真菌、螨和人类等。

影响病源因子

植物年龄增加，抗病性增加。 植物生理会改变入侵途径。 环境干湿会改变入侵途径。 感染

病原菌与寄主植物细胞及组织之间建立一种接触的关系，而由寄主获得营养称之为感染。如果寄主遇到非病原菌入侵细胞时，寄主细胞会产生过敏性反应（hyperentitive reaction），此寄主细胞立即死亡，于是病源无法由寄主获得正常之养分饿死，或死亡细胞有有害物质抑制病菌。

侵害

侵害是感染的后期，病菌在感染寄主后，有一病原在内部蔓延，但外表看不出来，即是疾病潜伏期（incubation period），然后病原菌生长和繁殖则是侵害。侵入、感染、侵害是互相延续的，孢子发芽侵入寄主组织，菌丝开始蔓延则是致病过程（pathogenesis），病有病征出现，寄生关系从而建立，可谓之感染（infection），故感染表示寄主组织已被病原菌所缠据（colonization）。

繁殖

病毒繁殖最快。细菌亦可用二裂法繁殖。每一只雌线虫约可以产生300个卵（eggs）。

病源传播

细菌通常利用鞭毛游动。真菌水声菌有游走孢子(zoospore)可以在水中游泳。不完全菌之分生孢子（conidia）通常靠风、雨传播。许多病毒藉昆虫制造伤口而传播。

病源残存

病原菌有时靠冬季寄主越冬。

寄主范围广泛的多犯性（polyxeny）病源，如细菌性癌种病菌。 利用本身残存构造越冬，如X病菌之囊孢子在囊壳内越冬。 靠寄主残株或病枝条内的菌丝体和细菌越冬，如水稻到热病。 存在土壤内越冬，如高等寄生植物之种子、线虫之卵。