消毒棉签由棉签、复合碘或碘伏或酒精组成，其中棉签由棉杆和棉头组成。棉杆由竹或木或塑料等制成，棉头由医用脱脂棉制成。消毒棉签所用的医用脱脂棉应符合YY0330-2002的要求。消毒棉签所用的复合碘或碘伏或酒精应具有消毒功能，并取得有关行政主管部分颁发的消毒剂卫生许可批件。棉头与棉杆的静协力不得小于5N。每支消毒棉签的复合碘含量应不少于0.15g。消毒棉签的初始污染菌数应≤100cfu/g，并不得检出致病菌。

目前广泛使用的医用棉签，都是独立包装，一次性使用的，也就是一次性医用棉签，基本上都是用环氧乙烷灭菌的。

消毒棉签打开后长时间放置，会被空气中的微生物污染，主要有多种球菌、芽孢杆菌、产色素细菌及真菌孢子等。