肠道菌群已经成为近年来研究的最热门领域之一。肠道微生物作为数量庞大、种类繁多的微小生命体对人类健康具有重要意义，大量研究表明肠道菌群与肥胖、糖尿病、肝脏疾病、心脑血管疾病、肠易激综合征、炎症性肠病、慢性肾病、艾滋病、过敏性湿疹、消化道癌症、自闭症、抑郁症及老年痴呆等精神性疾病相关，已经成为一系列代谢性疾病防控的新方向。

人类的肠道菌群按照不同的分类方法可以分成不同的类别：

①依据自然属性分类。肠道菌群已经鉴定出细菌的9个门，包括：厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、疣微球菌门、梭杆菌门、蓝藻菌门、螺旋体门、VadinBE97门。其中98%的肠道菌可以归属为前四类，厚壁菌门（64%）、拟杆菌门（28%）、变形菌门（8%）和放线菌门(3%)。

②依据与宿主的关系分类。肠道菌群可分为共生菌、条件致病菌和致病菌。共生菌是长期寄居在肠道内组成相对稳定的微生物，占据肠道细菌数量的99%，在进化过程中通过个体适应和自然选择形成，与宿主相互依存、相互制约，是机体不可分割的一部分，对机体有益无害。条件致病菌，顾名思义，是在一定条件下能够导致疾病的细菌。这类细菌在肠道内比较少，通常由于大量共生菌的存在，条件致病菌并不容易大量繁殖以致对人体造成危害，常见的条件致病菌是肠球菌和肠杆菌。致病菌对人体有害无益，可以诱发疾病。致病菌一般不常驻在肠道内,从外界摄入后可以在肠道内大量繁殖，导致疾病的发生。常见的致病菌有沙门菌和致病性大肠埃希菌等。

③依据对氧气的需求。肠道菌群可以分为专性厌氧菌、兼性厌氧菌和需氧菌。肠道菌群以厌氧菌居多，共生菌一般都是专性厌氧菌。