肠道微生物群落与它们的宿主是共同进化的，并且受到宿主食物的强烈影响。

研究人员对范围广泛的哺乳动物的粪便进行了取样，这些哺乳动物包括从大鼠到熊猫到人类。通过对每一样本中所分离出的微生物的某些基因序列的分析，研究人员对存在于每种动物肠道中的属于不同门类的细菌和其它微生物进行了梳理分析。

在同一种系的哺乳动物中，其肠道微生物群落相互之间没有多大的差别，这与它们是生活在野外或是在动物园中没有关系，就人类而言，其肠道微生物群落与那个人是吃肉或是素食者也没有关系。

但是，不同种系动物的肠道微生物群落确实存在差别。一般来说，那些食肉动物的肠道微生物的差异最小，而食草动物之间的肠道微生物的差异则最大。

研究人员报告说，人类肠道微菌群中存在的多样性在杂食性灵长类中是相当典型的。这些结果表明，肠道微菌群的进化是哺乳类动物在适应以植物为基础食物的成功进化过程中的一个重要部分。

Faith及其同事发现，在采样者中有60%的细菌菌株在长达5年的时间中仍然保持着稳定。研究人员估计，某些菌株甚至会持续不变几十年。

通过评估这些人的微生物株的随着时间的推移而改变及/或当那些吃特别饮食而减肥的人的微生物株的改变，研究人员发现，体重减轻对微生物株组成的改变比时间的推移要有更明显的影响。这表明，肠道微生物群的改变可作为宿主健康及功能的标志物。

网络出版的Nature杂志上发表了耶鲁大学科学家的研究成果。研究者发现一类蛋白质可以改变胃里的微生物数量，从而引发肥胖和慢性肝病，而且研究还表明这具有传染性。从而扩展了早前耶鲁的研究——一类蛋白导致的相似微生物群落失调，增加肠道疾病如结肠炎的风险。

耶鲁研究人员杰出的发现是，肠道环境的改变会导致肥胖和肝脏疾病，并且这种改变在小鼠群体里具有传染性。“当健康的小鼠和改变内脏微生物环境的小鼠放在一起时，健康的小鼠患有肝病和肥胖的敏感度增加，” 论文的资深作者Richard A. Flavell说道，Richard A. Flavell是耶鲁大学医学院免疫生物学教授和霍华德休斯医学研究所研究人员的研究人员。

根据一项新的关于饮食，肠道细菌和免疫系统之间的关系的研究发现，疫苗和抗生素可能在某一天能作为一种限制热量或治疗肥胖症手术的一种新的方法来控制体重的增加。

肠道细菌在食物消化中发挥了重要的作用。他们能提供许多营养物质消化吸收的酶类，合成一定的维生素和促进食物热量的吸收。

五十年以前，农民通过混合微生物与低剂量的口服抗生素喂养牲畜，发现这样能够加速增加牲畜重量。而最近，科学家发现，即使在高脂肪的饮食下，无菌环境中培养的，并因此缺乏肠道微生物的老鼠，不会增加额外的重量。

自然免疫学杂志的一篇文献或许能够揭示其中的一些机制。他们研究的重点是免疫系统、肠道细菌、消化和肥胖之间的关系。

研究表明，体重的增加不仅需要增加热量，而且需要更微妙的肠道微生物和免疫反应。