荧光共振能量转移,两个分别接近该染料分子（或发色团之间）在激发能量是电磁波不向电子的共振现象可以通过直接移动。因此，一个分子（供体）吸收的光能被转移到另一分子（受体），并且当受体是荧光分子时，荧光会从受体发出。

供体的发射光谱和受体的吸收光谱之间的重叠积分越大，则福斯特距离越大，能量转移越容易发生。作为FRET的观察手段之一，有一种方法，其中用对应于供体吸收光谱的光激发供体，并检测从受体发出的荧光强度的增加。另外，存在一种测量供体的荧光强度和荧光寿命的变化的方法。

FRET效率随着距离的增加而迅速降低，这是两个分子之间距离的六次方的函数。通过应用此方法，可以根据FRET效率计算两个分子之间的距离。但是，由于FRET效率也受到两个分子的电偶极子的取向的影响，因此，与荧光蛋白质同样，如果在荧光寿命时间顺序中不发生各向同性的荧光发光，则可以进行正确的距离计算。

化学上，当两个分子通过共价键变成单个分子或形成超分子复合物时，观察到FRET。有使用此的光气感测试剂等。

它也用于检测蛋白质与蛋白质的相互作用，特别是在分子生物学和生物物理学中。例如，如果用不同的荧光蛋白（用GFP，YFP等改良的CFP）标记两种目标蛋白，则可以通过它们的相互作用（结合）观察到FRET。（由于相互作用而引起的分子排列的变化会随着颜色的变化而出现。）它也适用于实时PCR。

在此类生物学应用中，由于变色或与其他荧光物质（自发荧光）的干扰，可能难以观察到FRET。作为一种方法，以避免这种情况，荧光（光致发光不）化学发光通过应用相同的原理，生物发光共振能量转移。