人类胃肠道栖息着1 000多种微生物，主要由厚壁菌门（64%）、拟杆菌门（23%）、变形菌门（8%）、放线菌门（3%）的细菌所构成。这些细菌的数量可达1014个。人类的肠道菌群非一成不变，极易受外界影响。基因、年龄、性别、饮食、生活方式、抗生素的使用等因素都可以造成肠道菌群的改变。

肠道菌群参与营养物质的消化吸收、药物代谢、免疫调节等生理活动，在人体健康中起着至关重要的作用。肠道细菌需要水及能够提供能量能量底物， 包括食糜和没有消化完全的残渣。人类摄入食物直接决定了肠道中菌群的种属和数量。人类居住属地的常规食物和饮食习惯养育了相应类别的细菌。体内食物滋养了部分以常用食物为食的细菌，且这些细菌在不停地向大脑发送进食此类食物的信号。饮食习惯不健康的人，有便秘，有腹泻，有过敏，皮肤黝黯，肝脏功能不好，情绪不佳，免疫力低下，容易感冒。始作俑者和最终受害都是人类自己。

除了饮食食谱可以影响肠道菌群以外，抗生素同样也可以影响人类肠道细菌。抗生素进入肠道，只需要一次，就把肠道细菌杀死了一小半。肠道菌群的紊乱的恶果也由人类自己品尝了，人的健康也就危险了。如果体内有不好的肠道细菌，正确方法是重塑一个健康的肠道菌群。因此，在非必要条件下要绝对避免用抗生素。肠道菌群将各种食物分解代谢供机体吸收利用，因此对人类的健康至关重要。

谷物中含有丰富膳食纤维、抗性淀粉、低聚糖、碳水化合物等，全谷物对肠道菌群的调节密不可分。谷物通过增加双歧杆菌的数量来改变人体的肠道菌群组成，饮食中全谷物的摄入、肠道菌群的改变、代谢性疾病的作用。每天足量的蔬菜水果膳食干预，导致人类肠道双歧杆菌、乳酸杆菌、链球菌、肠球菌的数量均呈增加趋势，且肠杆菌和梭状芽胞孢杆菌数量有所下降。改善高脂饮食导致的肥胖和血脂异常。导致体重和体质指数下降，厚壁菌门和变形菌门的比例下降，拟杆菌门的比例升高，血、尿一氧化氮相对基线有所升高，脂质的过氧化作用有所降低。因此，足量蔬菜、水果饮食改变人体肠道菌群，针对靶向菌的研究值得进一步开展。