人的肠道内寄生着无数的细菌，形成了肠道菌群。在小肠下部、大肠和直肠分布的细菌种类最多，包括大肠菌、拟杆菌、链球菌、双歧杆菌、乳酸菌等各种各样的细菌。这些细菌发挥各自的免疫功能，是它们在保证着人类生命的延续，因为肠道菌群的存在，人才能生存。肠道菌群是一个复杂的生态系统，它们利用人体消化的食物残渣和胃肠道作为生存的条件和环境，在体内发挥重要的病理生理作用。

生理屏障作用

肠道内壁是人体与外界环境接触面积最大的区域，肠道菌群在肠道中形成重要的生物屏障，维护肠道生态平衡，抵御外来致病菌的侵害。

促消化、营养吸收作用

肠道菌群可以帮助葡萄糖、维生素、脂肪、微量元素的吸收分泌一系列的酶协助人类消化，植物中的纤维素和半纤维素类多糖为机体提供能量。

免疫作用

肠道黏膜淋巴组织是人类重要的免疫细胞群，其所含免疫活性细胞数量占人体免疫细胞总数的70%左右，肠道菌群对宿主免疫系统的发育起到了关键作用，可抑制病原体的侵袭，对抗炎症，提高自身免疫力。