在人类的肠道，尤其是结肠中，存在着大量微生物，叫肠道菌群。这种细菌参与了人体各种物质的合成、糖类与蛋白质的代谢、微量元素的吸收等等。不同的菌种可以合成不同人体生长发育必须的维生素，还可以和蛋白质残渣合成氨基酸，参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进矿物元素的吸收。这些营养物质对健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病。而肠道菌群按照一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，当机体的内外环境发生变化，类似长期使用抗生素，敏感肠菌被抑制，那未被抑制的细菌就会乘机繁殖，从而引起菌群失调，正常的生理组合被破坏，而产生的病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。

饮食可使粪便菌群发生明显的改变，无纤维食物促进细菌的易位，纤维可以维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学，食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。

菌群的组成可以因个体的不同而存在差异，但对同一个人来说，在很长的一段时间内菌群组成都是十分稳定的。每个菌种的生态学地位都是由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定的。

肠道菌群在许多药物的代谢中起重要的作用，任何抗生素都可导致肠道菌群的改变，其取决于药物的抗菌谱同其在肠腔内的浓度。氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻。

随着年龄的增高，肠道菌群的平衡也会发生改变，双歧杆菌的减少可能会减弱对免疫机能的刺激，而产气荚膜杆菌的增加会导致毒素增加，使免疫受到抑制。老年人如能维持年青时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。

胃肠道正常的免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞可以产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体或双体的IgA，或者是合成分泌片功能发生了障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分泌型IgA。缺乏分泌型IgA则会引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群也会过度繁殖。新生儿发生菌群失调的几率比较高，可能是与免疫系统发育未成熟或不完善有关。

对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，严格掌握适应度，最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。对高龄及病后体弱者，在使用抗生素的同时并配合使用乳酸菌素或双歧杆菌活菌制剂，以防肠道菌群失调。在大手术前，应注意配合全身支持治疗法，如提高营养、输血、肌注丙种球蛋白、服用维生素等。