肠道菌群会产生名为N-酰基酰胺的小型有机复合物，它们与受体互作，用以肠道菌群的调节和人体生理健康。N-酰基酰胺是重要的人体信号传导分子，参与生理的各个方面，包括免疫、行为和代谢。细菌依赖小分子与环境产生相互作用，人类微生物群利用小分子与宿主互作。而肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，当机体的内外环境发生变化，类似长期应用广谱抗生素，敏感肠菌被抑制，未被抑制的细菌就会乘机繁殖，从而引起菌群失调，正常的生理组合被破坏，而产生的病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。

饮食可使粪便菌丛发生明显的改变，无纤维食物促进细菌易位，纤维可以维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学，食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。

菌丛的组成可以因个体的不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时间内菌丛组成都十分稳定。每个菌种的生态学地位都是由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定的。

肠道菌群在许多药物的代谢中起重要的作用，任何抗生素都可导致肠道菌群的改变，其取决于药物的抗菌谱同其在肠腔内的浓度。氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻。

随着年龄的增高，肠道菌群的平衡也会发生改变，双歧杆菌的减少有可能减弱对免疫机能的刺激，而产气荚膜杆菌增加会导致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能维持年青时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。

胃肠道正常的免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体或双体的IgA，或者合成分泌片功能发生了障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分型IgA。缺乏分型IgA则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群亦可过度繁殖。新生儿发生菌群失调的几率较高，亦可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。

肠道菌群失调症主要的临床表现为严重腹泻或慢性腹泻，在应用抗生素治疗过程中，如果突然发生腹泻，或原有腹泻加重，即有可能发生肠道菌群失调症。腹泻多为淡黄绿色水样便，有时如蛋花样。真菌感染呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便。一些旅游者可能会因气候和环境的改变而发生肠道菌群失调，俗称为水土不服。近年来，由于冰箱的普及使用，有的家庭会储存大量的肉食品及疏莱，过久的储存致使食物变质，食用后引起肠道菌群失调，造成呕吐、腹泻，有的出现精神不集中甚至精神恍惚。

白色念珠菌感染一般都由上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或者是溃疡可引起多次的无臭黏液脓性粪便，有时呈水泻，伴有消化不良症状，如治疗不及时，即会扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织。白色念珠菌性肠炎是肠道菌群失调症最常见的一种。多见于瘦弱的婴儿、消化不良、营养不良、糖尿病、恶性肿瘤、长期应用抗生素或激素的患者。

葡萄球菌感染排黄绿色稀便，每日3～20余次，伴有腹胀，腹痛一般不著，吐泻严重者可能伴有脱水，电解质紊乱、血尿素氮升高、血压下降。多见于长期应用抗生素（四环素类、氨苄青霉素等）、肾上腺皮质激素和进行肠道手术的老年患者或慢性病患者。

产气荚膜杆菌所产生的β霉素可引起急性坏死性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下是最易发生感染的。

绿脓杆菌感染会产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐、多有水、电解质紊乱，重症可发生休克。绿脓杆菌为条件致病菌，常为继发感染，在婴幼儿、老人、某些恶性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下最易发生感染。

变形杆菌在一定条件下可变为条件致病菌，如普通杆菌、奇异杆菌、摩根氏变形杆菌都可能会引起食物中毒，无恒变形杆菌可引起婴幼儿夏季腹泻。

当机体抵抗力降低或其他原因，正常寄生在肠道的肺炎杆菌可引起感染，特别是小儿的严重腹泻。

合理使用抗生素

对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，严格掌握适应证，最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。对高龄及病后体弱者，在使用抗生素的同时并配合使用乳酸菌素或双岐杆菌活菌制剂，以防肠道菌群失调。在大手术前，应注意配合全身支持疗法，如提高营养、输血、肌注丙种球蛋白、服用维生素等。

对于要施行大手术的患者，手术前注意补充营养，可以肌注丙种球蛋白以提高机体免疫机能。也可试用注射转移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等。

如果是由于巨结肠，胆囊炎所引起的肠球菌过度繁殖、维生素缺乏造成的肠球菌减少或消失、小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去病因，然后再扶持正常菌群。

1.饮食调整

若是发酵性腹泻，应限制碳水化合物，腐败性腹泻就应限制蛋白质的摄入。增强肠黏膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应该增加纤维食物。

2.抗菌药物 

马上停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物做敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可以采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。

3.益生菌制剂

目前常用的益生菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、双歧杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。还可以用正常人大便悬液制成复方活菌制剂，用来治疗艰难梭菌所引起的伪膜性肠炎，也能得到较好的效果。

4.益生元制剂

口服益生元制剂，也可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌。应该使用半乳糖甙-果酸，它受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。

5.耐药性肠球菌制剂

经动物和人体内试验表明，BIO—4R株具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，克服菌群失调，改善大便性状异常，而且比以往单用抗菌素治疗的疗效迅捷，并能防止粪链球菌BIO—4R株的耐药因子向大肠杆菌K—12株转移。

6.中医中药

中医认为：“泄泻之本，无不由于脾胃”。急性泄泻病多偏实，责在脾胃，慢性泄泻病多为虚，每及脾肾。前者当清热化湿，后者应高补脾肾。