肠道菌群会产生一种小型有机复合物，这种有机复合物与受体互作，用以肠道菌群的调节和人体生理健康，也是重要的人体信号传导分子，参与生理的各个方面，包括免疫、行为和代谢。细菌依赖小分子与环境产生相互作用，人类微生物群利用小分子与宿主互作。而肠道菌群按照一定的比例组合，各菌间互相制约，互相依存，在质和量上形成一种生态平衡，当机体的内外环境发生变化，类似长期应用广谱抗生素，敏感肠菌被抑制，未被抑制的细菌就会乘机繁殖，从而引起菌群失调，正常的生理组合被破坏，而产生的病理性组合、引起临床症状就称为肠道菌群失调症。

肠道菌群失调症主要的临床表现为严重腹泻或慢性腹泻，在应用抗生素治疗过程中，如果突然腹泻，或原有腹泻加重，即有可能发生肠道菌群失调症。腹泻多为淡黄绿色水样便，有时如蛋花样。真菌感染呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便。一些旅游者可能会因气候和环境的改变而发生肠道菌群失调，俗称为水土不服。近年来，由于冰箱的普及使用，有的家庭会储存大量的肉食品及疏莱，过久的储存致使食物变质，食用后引起肠道菌群失调，造成呕吐、腹泻，有的出现精神不集中甚至精神恍惚。

对于要施行大手术的患者，手术前注意补充营养，可以肌注丙种球蛋白以提高机体免疫机能。也可试用注射转移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等。

如果是由于巨结肠，胆囊炎所引起的肠球菌过度繁殖、维生素缺乏造成的肠球菌减少或消失、小肠蠕动过快而引起的酵母菌过多等，都必须先除去病因，然后再扶持正常菌群。

若是发酵性腹泻，应限制碳水化合物，腐败性腹泻就应限制蛋白质的摄入。增强肠黏膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应该增加纤维食物。

马上停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物做敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可以采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。益生菌制剂

目前常用的益生菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、双歧杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。还可以用正常人大便悬液制成复方活菌制剂，用来治疗艰难梭菌所引起的伪膜性肠炎，也能得到较好的效果。

口服益生元制剂，也可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌。应该使用半乳糖甙-果酸，它受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。

经动物和人体内试验表明，BIO—4R株具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，克服菌群失调，改善大便性状异常，而且比以往单用抗菌素治疗的疗效迅捷，并能防止粪链球菌BIO—4R株的耐药因子向大肠杆菌K—12株转移。

中医认为：“泄泻之本，无不由于脾胃”。急性泄泻病多偏实，责在脾胃，慢性泄泻病多为虚，每及脾肾。前者当清热化湿，后者应高补脾肾。