肠道菌群可分为三类：有益菌、有害菌和中性菌。从有益菌和有害菌的生理功能分析。

若是有益菌菌群占优势，肠内的黏膜是呈现粉红色的，这种状态表示肠内环境良好。

1、粪便软硬适中，较为容易排泄

胃部消化分解的食物，由小肠吸收营养后，成为粘稠状物体送至大肠。然后再经过18小时的水分及矿物质吸收，就变成较为容易排泄的粪便。肠道内环境良好时，粪便的软硬适中，排便会较为顺利。

2、蠕动缓和，能顺利将粪便排出

藉由肠的蠕动，将粪便缓慢的推送至肛门。蠕动过快或太慢，都会影响粪便的构成，从而导致便秘或者腹泻。而要是肠内干净，则蠕动的速度就相当的有规律，粪便也会顺利排出。

3、有助于合成维他命

一些好菌能维护肌肤的健康，它们具有合成B1、B2及B6等有助热量产生的维他命，与止血、骨骼形成有关的维他命K也有同样的功用。肠道健康的话，好菌也会不断繁殖，维他命的合成也会顺利进行。

4、迅速排出有害物质

一个健康的肠道也不是完全没有坏菌存在的，有害物质多多少少会产生。当然还包括，吃进体内的食品含有的化学添加物或是无法成为营养成分的物质。但是只要肠内环境良好，这些物质在开始危害身体前就被排出体外。

5、避免病原菌的侵害

好菌是可以刺激并提高身体的免疫机能，但也易引起食物中毒等病原菌，而病原菌因具怕酸的特质，所以像是含有好菌的乳酸饮料或健康食品等，都可以抑制病原菌在肠内繁殖。

肠道菌群里面的有益菌除了以上功能之外，对人体还有营养作用，如糖尿病、高血压、高血脂等。B族维生素和非必需氨基酸对人体也具有重要的作用，当缺少这些营养元素时，就会导致头发脱落或毛发发黄、发叉，容易折断等现象。

如果有害菌菌群在肠内占领了优势的话，肠内黏膜粗糙，血液不流通而呈暗红色，这种状态表示肠内环境比较糟糕。

1、排泄不顺畅，肠内囤积着粪便

为帮助排便，粪便的软硬程度要适中，但因膳食纤维的不足则会出现不健康的肠，导致粪便囤积在大肠内，无法顺利排出；又或者是因一些坏菌的繁殖而引起的细菌感染，这样就会发生腹泻的情况。

2、蠕动过快或太慢

肠道不健康，可能会影响肠道的蠕动速度，过快或太慢，都妨碍粪便顺利排出。粪便更会因此变过硬或过稀，最终导致便秘，肠道中的过路菌群就会加速繁殖，就会导致一直这样恶性循环下去。

3、产生有害物质

肠道不健康，就会成为繁殖坏菌的绝佳场所，大量的坏菌会产生致阿摩尼亚，硫化水素及粪臭素等有害物质。这些物质不仅是恶臭屁的来源，还会加速肠壁的老化，产生导致癌症的物质，成为大肠癌的发病根源。

4、再次地吸收对身体有害的物质

有害物质不会一直乖乖地待在肠内，它会随着肠的吸收而随着血液循环到全身，从而引起疲倦、肌肤干燥、头痛、呕吐等身体不适，会发生恶臭的物质更会经由血液，透过嘴巴或身体而散发出来。

5、病原体容易侵入

不健康的肠内，乳酸菌等好菌的量会变少，肠内就会呈碱性。另外，因为坏菌所产生的有害物质会使肠壁具有的免疫功能下降，导致肠内杀菌的作用变弱，细菌或病原菌就更容易侵入。