在人类的肠道，尤其是结肠中，存在着大量微生物，叫肠道菌群。这些菌群参与了人体各种物质合成、糖类与蛋白质代谢、个微量元素的吸收等等。不同的菌种可以合成不同的人体生长发育必须的维生素，还可以和蛋白质残渣合成氨基酸，参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进矿物元素的吸收。这些营养物质对健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病。它们还能影响体重和消化能力、免疫能力，还可以控制人体对药物的反应。

1、菌群之间起到了生物的拮抗作用，正常的菌群会在人体某一特定位粘附，定植和繁殖，形成一层菌膜屏障。通过拮抗作用，抑制并且排斥过路菌群的群集和入侵，起到了调整人体与微生物之间的平衡状态的作用。

2、肠道菌群具有免疫作用，正常的菌群能够通过刺激，促使宿主产生免疫及清除有害物质的功能。

3、排毒作用，双岐杆菌能使肠道过多的革兰氏阴性杆菌下降到正常水平，从而减少内毒素的吸收。

4、抗肿瘤作用，能够降解和清除体内的致癌因子，然后激活体内的抗肿瘤细胞因子等。

5、能合成身体所需要的营养物质、也能起到抗衰老作用等。

肠道菌群失调作为慢性腹泻的病，因现在已经被人们充分认识，有人曾对57例各种原因引起的慢性腹泻人进行详细的分析，发现其中9例为慢性痢疾，27例为一般性结肠炎，10例为黏液性结肠炎，11例为溃疡性结肠炎。最后的结论是：72%的慢性腹泻是原籍菌发生了异常表现，并无外来菌参加。这一实验说明了大部分的慢性腹泻是由肠道菌群失调引起的。

肠源性内毒素血症，简单地说就是肠道里的内毒素进入了血液。它最多出现于肝脏疾病，特别是肝硬化这一类的，因为它是一个慢性的发病过程，所以它的发病形式也是一个隐匿的表现。当然也会有急性的情况，比较多见于大量抗革兰阴性杆菌的抗生素治疗后，由于大量革兰阴性菌被杀死，细胞壁内的脂多糖分解，内毒素大量的释放，最终引起了休克等严重的临床表现。

在医学家广泛的研究大肠癌与肠道菌群的关系下，现在可以肯定大肠癌的发病与肠道细菌有关。致病原因主要是肠道腐败菌分泌出的酶，能够使苏铁苷水解成具有诱变活性的甲基偶氮甲醇，从而致癌。

肝脏患病时，会影响肠道菌群的结构和功能，而肠道菌群失调时同样也会反过来影响肝脏功能，两者互为结果，引起机体地一系列病理改变。

慢性肝病是由于免疫功能低下，胆汁分泌的异常，消化不良或者营养不足，或是门静脉高压都能使肠道菌群失去平衡，慢性活动性肝炎的病人4%到30%都有腹泻。

胆固醇和胆汁酸代谢与成人患动脉硬化症有着密切关系。对于胆汁酸，在肠道菌群中，有一部分的细菌能和它产生有益的代谢，而有一些细菌就会和它产生对身体有害的代谢。

乳酸菌类的有益菌能够促进人体对钙吸收的作用，而缺乏有益菌也不利于钙的吸收，所以缺乏有益菌同样是造成骨质疏松症的原因之一。

研究指出，肠内毒素与焦虑和抑郁症可能会有相当密切的联系。因为一旦由于各种原因所造成菌群失调时，肠内有益菌得减少就会使能水解蛋白质的菌减少，从而使色氨酸、苯丙氨酸减少，使得患者病情更加重，也可能是因为菌群的失调，使原有得潜在致病性的有害菌增多，内毒素增加，从而导致焦虑与抑郁症。