在人类的肠道，存在着大量微生物，这些细菌参与人体的各种物质合成、糖类与蛋白质代谢、个微量元素的吸收等等。菌种不同，可以合成的维生素也一样，还可以和蛋白质残渣合成氨基酸，参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进矿物元素的吸收。这些营养物质对健康有着重要作用，一旦缺少会引起多种疾病。它们还能影响体重和消化能力、免疫能力，还可以控制人体对药物的反应。肠道菌群可以分为有益细菌和有害细菌，以及一些厌氧菌群，这些有益菌群、有害菌群在我们的肠道内，和平共处，维持平衡状态，但有些习惯却是会导致这种平衡被打破。

一般而言，健康的肠道菌群应该是丰富多样的。多样性的肠道菌群会让人体在有害的影响下更快的恢复过来。多元化的饮食能为我们身体提供各种各样的营养，这些营养能够促进肠道内不同类型细菌的生长，而形成一个更多样化的肠道菌群。

许多食物，包括蔬菜水果和全谷类食物里面，都含有大量的天然的益生菌，益生菌能调节身体机能，改善身体中的不良环境，抵御病原体的产生。那么饮食中缺乏这些成分可能对消化道整体健康产生危害，要是长期缺乏膳食纤维，肠道中的共生微生物就会因为“饥饿”而对肠道黏液和肠壁进行“蚕食”，增加肠道被感染的几率。

长期饮酒的人，对于肠道的健康可以导致十分严重的问题，包括肠道菌群失调。一项研究调查中，有41位酗酒者，和10位很少喝酒甚至不喝酒的健康个体中的肠道菌群试验，其中有27%的酗酒者体内都存在着严重的肠道菌群失调，而健康的个体则都没有。

抗生素可以阻止细菌的繁殖甚至是杀灭细菌，在过去的一个世纪里，抗生素的使用挽救了数以百万计的人的生命。然而，使用抗生素的缺点之一就是它会不分青红皂白的影响肠道中的所有细菌，不分好坏一样都会影响。事实上，即使是单一的抗生素也是有可能导致肠道菌群的组成和多样性发生改变。

有研究发现，吸烟是导致炎症性肠病的最重要的环境风险因素之一，这种疾病的表现为消化道的持续性炎症。此外，吸烟者患克罗恩病的风险是非吸烟者的两倍，克罗恩病是炎症性肠病的一种常见类型。

睡眠可以影响我们的大脑、身体和激素水平，它们会让我们保持着警觉和清醒，但它们也能告诉我们的身体什么时候该睡觉了。肠道也拥有着一个类似的昼夜节律。睡眠不足、轮班工作和进食太晚都会打乱我们身体里的所习惯的生物钟，从而对肠道菌群产生一系列有害影响。

健康不仅仅是靠健康的饮食、经常对身体进行必要的锻炼和充足的睡眠。由于压力太大而产生的应激水平过高对于我们的身体也会产生有害影响。在肠道中，应激可以增加敏感性，减少血流，改变肠道细菌。对于很多患有消化疾病的患者，不应该盲目的进行治疗，找准致病因素很重要。很多的肠道疾病，只需要做一个肠道菌群检测，找到了致病菌，就可以从根本上根除疾病了。