肠道菌群是生存在人的肠道内的大量细菌共同构成的集体。肠道菌群并不是人体与生俱来的。胎儿在子宫里的时候，是处于一个无菌状态的，但胎儿出生后，伴随着的第一口呼吸、第一口乳液、第一嘴辅食，肠道菌群的始祖们，也会随着食物、空气、水等各种形体进入肠道安营扎寨，在时间的推移下不断壮大队伍，扩充地盘，最终形成稳定的肠道菌群生理结构。肠道菌群生理结构参与人体内的食物消化、营养代谢吸收、药物代谢、能量供应、必需维生素的和成、免疫调节、胃肠道稳态的维持等重要生理过程。

在人体的肠道中，约有1×10¹⁴、超过1000种的细菌，它们的编码基因数目大约是人体自身基因的150倍，不同个体之间肠道菌群生理结构的组成也会有明显的差异，这些差异主要受宿主的基因型、年龄、性别、饮食、生活环境等因素的影响。

肠道菌群生理结构含有大量人体自身所缺乏的能够参与碳水化合物、氨基酸、维生素等营养物质代谢的基因，肠道菌群主要的物质代谢方式包括发酵、甲烷化和硫还原。肠道菌群可以将宿主体内难以消化的碳水化合物分解转化成为可吸收的单糖或短链脂肪酸，并为结肠细胞提供主要能量来源，促进肠道上皮细胞发育，调节胰高血糖素样肽1的产生，还与宿主之间存在着肠肝循环等共代谢的关系。

肠道菌群生理结构对于人体的影响不可谓不大，在生活中，肠道菌群对人体的体重和消化能力、免疫能力，还可以控制人体对药物的反应。还有一些是对人体常见疾病的影响。

肠道菌群失调作为慢性腹泻的病，因现在已经被人们充分认识，有人曾对57例各种原因引起的慢性腹泻人进行详细的分析，发现其中9例为慢性痢疾，27例为一般性结肠炎，10例为黏液性结肠炎，11例为溃疡性结肠炎。最后的结论是：72%的慢性腹泻是原籍菌发生了异常表现，并无外来菌参加。这一实验说明了大部分的慢性腹泻是由肠道菌群失调引起的。

肠源性内毒素血症，简单地说就是肠道里的内毒素进入了血液。它最多出现于肝脏疾病，特别是肝硬化这一类的，因为它是一个慢性的发病过程，所以它的发病形式也是一个隐匿的表现。当然也会有急性的情况，比较多见于大量抗革兰阴性杆菌的抗生素治疗后，由于大量革兰阴性菌被杀死，细胞壁内的脂多糖分解，内毒素大量的释放，最终引起了休克等严重的临床表现。

在医学家广泛的研究大肠癌与肠道菌群的关系下，现在可以肯定大肠癌的发病与肠道细菌有关。致病原因主要是肠道腐败菌分泌出的酶，能够使苏铁苷水解成具有诱变活性的甲基偶氮甲醇，从而致癌。

肝脏患病时，会影响肠道菌群的结构和功能，而肠道菌群失调时同样也会反过来影响肝脏功能，两者互为结果，引起机体地一系列病理改变。慢性肝病是由于免疫功能低下，胆汁分泌的异常，消化不良或者营养不足，或是门静脉高压都能使肠道菌群失去平衡，慢性活动性肝炎的病人4%到30%都有腹泻。

胆固醇和胆汁酸代谢与成人患动脉硬化症有着密切关系。对于胆汁酸，在肠道菌群中，有一部分的细菌能和它产生有益的代谢，而有一些细菌就会和它产生对身体有害的代谢。

乳酸菌类的有益菌能够促进人体对钙吸收的作用，而缺乏有益菌也不利于钙的吸收，所以缺乏有益菌同样是造成骨质疏松症的原因之一。

研究指出，肠内毒素与焦虑和抑郁症可能会有相当密切的联系。因为一旦由于各种原因所造成菌群失调时，肠内有益菌得减少就会使能水解蛋白质的菌减少，从而使色氨酸、苯丙氨酸减少，使得患者病情更加重，也可能是因为菌群的失调，使原有得潜在致病性的有害菌增多，内毒素增加，从而导致焦虑与抑郁症。