我们把生活在我们肠道内的这些细菌统称为肠道菌群，肠道菌群在我们人体内的总重，能够达到两到三斤，包含的细菌的细胞总数是十的十四次方，是我们人体细胞总数的十倍，而细菌的种类，能够达到1000多种，我们每天排出的粪便当中，干重量的50%以上都是由这些细菌以及它们的尸体构成的，而这些小细菌和我们人体是共生关系。它们长期定植在肠道中，维护我们的健康，所以，我们也把肠道菌群称为我们人体的第二器官。

肠道菌群作为机体不可分割的“器官”，对宿主的生理活动有很大影响，其作用主要表现在以下几个方面。

生物屏障作用

肠道内壁是人体与外界环境接触面积最大的区域，肠道菌群在肠道中形成重要的生物屏障，维护肠道生态平衡，抵御外来致病菌的侵害。主要通过占位性保护、营养竞争和产生抗菌物质来发挥生物屏障作用。肠道菌群与肠粘膜上皮细胞紧密结合，形成膜菌群，阻碍致病菌与肠粘膜的接触，起到占位性保护的作用；肠道菌群尤其是共生菌能够竞争营养供给，与宿主共同消耗营养来源，防止不需要的营养物质过度产生；肠道菌群还可以产生抑菌物质来抑制有害菌的生长。同时，肠道微生物不断刺激胃肠粘膜分泌粘液素，以保持肠道的润滑。

促消化、营养吸收作用

肠道菌群可以分泌一系列的酶来协助人类消化植物中的纤维素和半纤维素类多糖，为机体提供能量。肠道菌群通过发酵作用还能产生短链脂肪酸和多种维生素供机体利用，如维生素B族、K族、生物素、尼克酸和叶酸等。肠道菌群具有生物固氮作用，利用蛋白质残渣合成必需氨基酸，如天冬门氨酸、苯丙氨酸、缬氨酸和苏氨酸等，并参与糖类和蛋白质的代谢，同时还能促进铁、镁、锌等矿物元素的吸收。肠道菌群可以促进亚油酸吸收、胆酸脱羟基和脱饱和、胆固醇向类固醇转化等。

免疫作用

肠道粘膜淋巴组织是人类重要的免疫细胞群，其所含免疫活性细胞数量占人体免疫细胞总数的70%左右，与呼吸道、泌尿生殖道等粘膜下组织中的免疫细胞共同组成粘膜相关淋巴组织（MALT），主要功能是将外来有害菌的抗原经过处理后，呈递给免疫活性细胞（T、B细胞），激发免疫应答，其中最重要的保护性应答产物是分泌性IgA。肠道菌群对宿主免疫系统的发育起到了关键作用，可刺激机体在肠道形成更多的淋巴组织，并提高免疫球蛋白在血浆和粘膜中的水平，使免疫系统处于一种适度的活跃状态，对入侵体内的病原菌保持有效的免疫作用。

无菌动物的淋巴系统、抗体形成等发育不良，体液免疫和细胞免疫功能都低于普通动物。无菌动物进行肠道菌群移植后，其免疫系统的发育明显好转。

生长、发育和老化

肠道菌群的组成随着年龄的增长而发生变化。健康婴儿中，双歧杆菌占肠道菌群数量的98%，主要为婴儿双歧杆菌；健康成年中，双歧杆菌数量减少，种类也转变为青春双歧杆菌；进入老年后，双歧杆菌数量进一步减少，甚至检测不到，而梭菌、芽孢杆菌类增多，生成硫化氢和吲哚，肠道腐败过程加快，有害物质被吸收后又加速老化过程。

抗肿瘤作用

双歧杆菌是肠道菌群中的主力军，具有显著的抗癌作用，能够直接或间接清除致癌物质，使致癌物质失活；抑制肠道内腐败菌产生的致癌酶；降低肠道pH值，促进肠道蠕动，缩短致癌物质与肠道接触时间，促进致癌物质的排放。