肠道菌群是生存在人的肠道内的大量细菌共同构成的集体。肠道菌群并不是人体与生俱来的，胎儿在子宫里的时候，是处于一个无菌状态的，但胎儿出生后，伴随着的第一口呼吸、第一口乳液、第一嘴辅食，肠道菌群的始祖们，也会随着食物、空气、水等各种形体进入肠道，最终形成稳定的菌群构成。肠道菌群参与人体内的食物消化、营养代谢吸收、药物代谢、能量供应、必需维生素的和成、免疫调节、胃肠道稳态的维持等重要生理过程。这些都是对人体有益的，也有对身体有害的菌群，我们称之为肠道菌群有害菌，这些有害菌是以产气荚膜杆菌为代表的需氧菌，能够使人体致病的细菌的总称。

为帮助排便，粪便的软硬程度要适中，但因膳食纤维的不足则会出现不健康的肠，导致粪便囤积在大肠内，无法顺利排出；又或者是因一些坏菌的繁殖而引起的细菌感染，这样就会发生腹泻的情况。

肠道不健康，可能会影响肠道蠕动的速度，过快或太慢，都妨碍粪便顺利排出。粪便更会因此变过硬或过稀，最终导致便秘，肠道中的过路菌群就会加速繁殖，就会导致一直这样恶性循环下去。

肠道不健康，就会成为繁殖坏菌的绝佳场所，大量的坏菌会产生致阿摩尼亚，硫化水素及粪臭素等有害物质。这些物质不仅是恶臭屁的来源，还会加速肠壁的老化，产生导致癌症的物质，成为大肠癌的发病根源。

有害物质不会一直乖乖地待在肠内，它会随着肠的吸收而随着血液循环到全身，从而引起疲倦、肌肤干燥、头痛、呕吐等身体不适，会发生恶臭的物质更会经由血液，透过嘴巴或身体而散发出来。

不健康的肠内，乳酸菌等好菌的量会变少，肠内就会呈碱性。另外，因为坏菌所产生的有害物质会使肠壁具有的免疫功能下降，导致肠内杀菌的作用变弱，细菌或病原菌就更容易侵入。

一般而言，健康的肠道菌群应该是丰富多样的。多样性的肠道菌群会让人体在有害的影响下更快的恢复过来。多元化的饮食能为我们身体提供各种各样的营养，这些营养能够促进肠道内不同类型细菌的生长，而形成一个更多样化的肠道菌群。

许多食物，包括蔬菜水果和全谷类食物里面，都含有大量的天然的益生菌，益生菌能调节身体机能，改善身体中的不良环境，抵御病原体的产生。那么饮食中缺乏这些成分可能对消化道整体健康产生危害，要是长期缺乏膳食纤维，肠道中的共生微生物就会因为“饥饿”而对肠道黏液和肠壁进行“蚕食”，增加肠道被感染的几率。

长期饮酒的人，对于肠道的健康可以导致十分严重的问题，包括肠道菌群失调。一项研究调查中，有41位酗酒者，和10位很少喝酒甚至不喝酒的健康个体中的肠道菌群试验，其中有27%的酗酒者体内都存在着严重的肠道菌群失调，而健康的个体则都没有。

抗生素可以阻止细菌的繁殖甚至是杀灭细菌，在过去的一个世纪里，抗生素的使用挽救了数以百万计的人的生命。然而，使用抗生素的缺点之一就是它会不分青红皂白的影响肠道中的所有细菌，不分好坏一样都会影响。事实上，即使是单一的抗生素也是有可能导致肠道菌群的组成和多样性发生改变。

有研究发现，吸烟是导致炎症性肠病的最重要的环境风险因素之一，这种疾病的表现为消化道的持续性炎症。此外，吸烟者患克罗恩病的风险是非吸烟者的两倍，克罗恩病是炎症性肠病的一种常见类型。

睡眠可以影响我们的大脑、身体和激素水平，它们会让我们保持着警觉和清醒，但它们也能告诉我们的身体什么时候该睡觉了。肠道也拥有着一个类似的昼夜节律。睡眠不足、轮班工作和进食太晚都会打乱我们身体里的所习惯的生物钟，从而对肠道菌群产生一系列有害影响。

健康不仅仅是靠健康的饮食、经常对身体进行必要的锻炼和充足的睡眠。由于压力太大而产生的应激水平过高对于我们的身体也会产生有害影响。在肠道中，应激可以增加敏感性，减少血流，改变肠道细菌。对于很多患有消化疾病的患者，不应该盲目的进行治疗，找准致病因素很重要。很多的肠道疾病，只需要做一个肠道菌群检测，找到了致病菌，就可以从根本上根除疾病了。